Xonacatlan
En las instalaciones ubicadas en el Municipio de Xonacatlan se imparten 2 Programas de Estudio:
- Licenciatura en Salud Intercultural
- Licenciatura en Enfermería
Tepetlixpa
En 2015 la UIEM abrió una sede en el municipio de Tepetlixpa, donde se ofertan:
- Licenciatura en Salud Intercultural
- Licenciatura en Desarrollo Sustentable
San Felipe del Progreso
En las instalaciones ubicadas en el Municipio de San Felipe del Progreso se imparten 6 Programas de Estudio:
- Licenciatura en Lengua y Cultura
- Licenciatura en Desarrollo Sustentable
- Licenciatura en Comunicación Intercultural
- Licenciatura en Salud Intercultural
- Licenciatura en Arte y Diseño
- Licenciatura en Enfermería
Posgrado
- Maestría en Gestión de la Innovación Rural Sustentable
- Maestria en Interculturalidad para la Paz y los Conflictos Escolares