En 2001, se establece un nuevo marco jurídico que contempló el reconocimiento constitucional de los derechos de los pueblos indígenas, entre sus temas prioritarios destacan el acceso a la salud y otros servicios públicos, mayores controles sobre los recursos naturales y autonomía política, también se exigió el derecho a una educación pertinente y de calidad en todos los niveles del sistema.
El 10 de diciembre de 2003, por Decreto del Ejecutivo del Gobierno del Estado de México, se creó el organismo público descentralizado de carácter estatal denominado Universidad Intercultural del Estado de México (UIEM).
La creación de la primera Universidad Intercultural en el país fue convenida por las autoridades educativas federal y estatal, ofrecía licenciaturas innovadoras que en ninguna otra se impartían: en Lengua y Cultura, en Desarrollo Sustentable y en Comunicación Intercultural, con una matrícula de 267 estudiantes. Es así como el 01 de septiembre de 2004 inicia formalmente el primer ciclo escolar de esta casa de estudios.
Es así como las universidades interculturales nacen, con reconocimiento de la Coordinación General de Educación Intercultural y Bilingüe (CGEIB).
La Universidad Intercultural del Estado de México (UIEM), perteneciente a este subsistema de educación superior cuenta con una matrícula en el ciclo escolar 2023-2024 de 2,281 estudiantes, centrando la mayor parte del estudiantado en los municipios de San Felipe del Progreso (1,867), Tepetlixpa (206) y Xonacatlán (208).
La oferta educativa de la UIEM consta de 6 programas académicos de nivel licenciatura y dos posgrados, los cuales son:
• Licenciatura en Lengua y Cultura
• Licenciatura en Desarrollo Sustentable
• Licenciatura en Comunicación Intercultural
• Licenciatura en Salud Intercultural
• Licenciatura en Arte y Diseño
• Licenciatura en Enfermería
• Maestría en Gestión de la Innovación Rural
• Maestría en Interculturalidad para la Paz y los Conflictos Escolares