La Universidad Intercultural del Estado de México fue la primera universidad intercultural del país, la cual plasmó su consolidación en el Decreto de Creación del 10 de diciembre de 2003, cuatro meses después de que la Subsecretaría de Educación Superior aprobó su fundación. Sin embargo, fue hasta el 6 de septiembre de 2004, cuando abrió sus puertas a la comunidad estudiantil en el municipio de San Felipe del Progreso.
La Universidad Intercultural inició su misión ofertando tres programas formativos de alto nivel académico de las licenciaturas en Lengua y Cultura, Desarrollo Sustentable y Comunicación Intercultural, mismas que eran pertinentes con el desarrollo regional, estatal y nacional, orientados a la formación de profesionales de los cinco pueblos originarios del Estado de México: mazahua, otomí, náhuatl, tlahuica y matlatzinca, quienes a partir del reconocimiento de su cultura, lengua y valores comunitarios, adquirirían un espíritu científico, sensible a la problemática de la diversidad cultural, para asumir un compromiso sólido con el desarrollo de sus pueblos y de su país. En el primer ciclo escolar 2006-2007, la Universidad Intercultural del Estado de México, contó con una matrícula de 487 estudiantes, de los cuales 304 eran mujeres y 183 hombres.
La Universidad Intercultural del Estado de México enfocó su misión a promover la formación de profesionales comprometidos con el desarrollo económico, social y cultural, particularmente de los pueblos indígenas de la entidad; revalorar los saberes de los pueblos indígenas y propiciar un proceso de síntesis con los avances del conocimiento científico; fomentar la difusión de los valores propios de las comunidades; así como abrir espacios para promover la revitalización, desarrollo y consolidación de lenguas y cultura originarias para estimular una comunicación pertinente de las tareas universitarias con las comunidades del entorno, todo ello a partir de la docencia, la investigación, difusión y preservación de la cultura para favorecer un diálogo permanente de las comunidades con el desarrollo científico y cultural contemporáneo ( Santini, 2006).
Con el paso del tiempo, a 19 años de su creación por decreto y a 18 de su ejercicio académico profesional, la Universidad Intercultural del Estado de México, no únicamente ha logrado pasar de una infraestructura básica e improvisada a un campus propio y con instalaciones planeadas para el desarrollo de actividades académicas tanto teóricas como prácticas, sino que enfoca su visión a ser una institución universitaria que implementa un modelo educativo innovador basado en el enfoque intercultural que favorece el arraigo de los jóvenes estudiantes y egresados en las comunidades de origen, a través de la oferta de programas educativos de licenciaturas y posgrados, debidamente certificados.
Asimismo, en el año 2009 apertura la Licenciatura en Salud Intercultural y para el ciclo escolar que inició en septiembre 2013, la UIEM abrió sus aulas a dos innovadoras licenciaturas: Arte y Diseño y Enfermería. De la misma manera, en 2015 abrió una sede para impartir su oferta educativa en el municipio de Tepetlixpa, para el caso de las Licenciatura en Salud Intercultural y Desarrollo Sustentable.
De la misma forma, en agosto de 2021, la Universidad abrió su tercer plantel en el municipio de Xonacatlán, en el cual se imparten las Licenciaturas en Enfermería y en Salud Intercultural a 105 estudiantes de la región.
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